生化学最強のデータベースBRENDA No.1

データベースって多すぎでどれを使ったら良いかわからない。

実験生物学を行うものとしての率直な感想である。いろんなデータベースがあり、ウェブ上で公開されているが、いざ使ってみると「あれ、なんか間違いばかりだ・・・」、「全然中身が合っていない」、「使いにくい・・・」などがある。自分にあったデータベースを見つけるのが大事である。

大学の講義なんかでは、神データベースとしてKEGGを紹介しているが、他にもいろんなデータベースがある。

これまで全然使っていなかったのだけれど、酵素関連のデータベースだと、BRENDAというものがすごく良い。自分も最近知った・・・

1987年からあるらしい由緒正しきデータベースであるようだ（おどろきだ・・・）。ドイツのグループが作っているらしい。もちろん日本語対応はないが、英語では使える。

ホーム画面がこんな感じ。

ただし、最近はGoogleなどが優秀なので、ホーム画面に行く必要もない。

「自分の調べたい酵素とBRENDA」をクエリとしてgoogleなどで入力して検索すればよい。

例えばホスホエノールピルビン酸カルボキシラーゼ phosphoenolpyruvate carboxylaseを検索してみるとする。
googleで「BRENDA phosphoenolpyruvate carboxylase」と検索すると

こんな感じで検索結果が出てくる。

一番上のサイトに飛ぶと、

こんな感じで目的の酵素のページに行く。自分の調べたい酵素であるかどうかは、EC番号が合っているかを必ず確認する。

下の方にはこんな画面もある。

このデータベースの何がすばらしいかというと、必要なcofactor, inhibitor（阻害剤）, activator（活性化剤）の情報がまとめてあるところである。こういうのはいちいち文献を当たらなければいけなかったが、リストになっている。
例えば、上の表だと、Thermosynechococcusという好熱性シアノバクテリアで、α-ケトグルタル酸がこの酵素の阻害剤であることがわかる。

分野外の研究者が好熱性シアノバクテリアの文献を探すというのはかなりハードルが高い。

Activatorの方を見ると、トウモロコシ（Zea mays）のPEPCは、glycerolで活性が促進するなどが載っている。その下には大腸菌も載っている。

シアノバクテリアからトウモロコシ、大腸菌などを網羅するのはかなりの労力だろう。

このデータベースでは、それらがリストになっているのでとても便利である。

長くなってきたのでNo. 2へ。