前にもブログ記事で書いたが、グラフの色や線の種類にもロジックを 追加。
研究ではデータをグラフ化する。エクセルで書くのが一般的だが、グラフの書き方によってデータの理解度が変わってくる。また、自分以外の人と議論するためには、相手が理解しやすいグラフを描く必要がある。
まずはやってはいけないことリスト
☑︎縦軸、横軸の数値とグラフの大きさが合っていない
☑︎立体化など、むやみに装飾をつけすぎる
☑︎有効数字が多すぎる
☑︎フォントが小さすぎる
次にやることリスト
☑︎上付き、下付き、イタリックなどを正確に
☑︎色や線の種類、マーカーの種類などを工夫する
上の例では、２つの株x２つの実験条件を試しているので、少なくとも２種類の分け方（上の例では色と線の種類）でグラフを描く
☑︎目盛りをつける（補助線はなくてもよい）
☑︎すべてエクセルで書こうとするとわかりにくい。ラベルなどはパワポで追加してもよい
☑︎経時変化は「散布図」を使う
☑︎同じ発表や論文だったら、全体を通して色や線の種類、マーカーを統一する
他にも色々とあると思うけれど、まずはこれくらいの作業をやっておかないと、データの議論に入ることが難しい。
研究室はメンバーがどんどん入れ替わるし、定期的に情報をリマインドする予定。
昨日は新しい論文のプレスリリース（報道発表）を行った。
https://www.meiji.ac.jp/koho/press/6t5h7p00001d3vpa.html
シアノバクテリア（ラン藻）は窒素欠乏時にポリヒドロキシ酪酸（PHB）という物質を蓄積する。これは生分解性のポリエステルである。すなわちバイオプラスチック原料である。
今回の論文では、このPHBを増やすタンパク質として、NtcA（エヌティーシーエー）というものを発見した。このタンパク質は転写因子であり、窒素のグローバルレギュレーターとして知られている。要するに、窒素の栄養状態を感知して、数多くの遺伝子の転写を制御する司令塔である。
この論文では、NtcAの過剰発現（細胞内でタンパク質を増やすこと）で窒素欠乏時のPHB量が２〜３倍に増加することを明らかにした。
また、単にPHB量が増加することを示しただけではなく、メタボローム解析を行い、代謝の全体像を明らかにしている。さらに光合成や呼吸の活性も測定し、遺伝子改変株の電子伝達の変化も明らかにした。
論文は3月に卒業した１期生の有坂さん（元M2）と同じく１期生で２年前に卒業した寺原さん（元B4）がco-first（共同筆頭著者）として発表した。有坂さんはこれで３本目の筆頭著者論文となる。本当にすごいことだと思う。
１期生がラボを作ってくれて、続く２期生、３期生もシステムを構築してくれた。これによって、現在後輩たちはとてもうまく研究を進めていると思う。初期メンバーは本当に大変だったと思うが、立派に成果を挙げてくれた。
論文を１本出すのは本当に大変。想像を絶するくらい大変なのだけれど、こうして１つずつ世の中に研究成果が出ていくことは喜ばしい。先生の仕事は増える一方だけれど、まあ頑張ろう。。。
新学術領域の春の領域会議終了。No.３であるが・・・
会議の中身はあまり書けない・・・ので、スープカレーの話でもしよう。。
札幌で美味しいものと言ったら何か。北海道なので、海の幸（いくら、えび、うに）に乳製品がまず思い浮かぶ。もちろんジャガイモにとうもろこし、アスパラガスなどもある。
しかし、札幌は都会。札幌で美味しいのは、「ラーメンとカレー」らしい。。上のものも美味しいが、やはり都会の食べ物が一番美味しいとのことである。。
ということで、札幌らしくスープカレーを食べに行った。
札幌駅から歩いて５分くらいのピカンティというお店。領域代表のM先生に教えていただき、帰りの飛行機の前に寄ってみた。
店の中は広くなく、２０席くらいしかないかもしれない。喫煙と禁煙が仕切られていた。（自分もそうだが）禁煙を希望する人はもっと席が少なくなる。
今回はかなり遅い昼だったので、幸いなことにすぐに入れた。
上の通りのスープカレーでトマトベース。野菜は人参、ピーマン、ジャガイモなどのおなじみのものに、レンコン、かぼちゃ、長芋！などが入っていた。長芋が甘くて美味しかった。
チキンはかなり柔らかくてほろほろ。すぐに溶けていってご飯とよく合った。
ルーの辛さは選択制。選んで中辛にしたがそれほどでもな買った。スパイシーなので、体がポカポカになる。すごく体に良さそう。
せっかくなのでスープカレーの食べ方を調べた。上の画像をみてもわかるが、１）カレーをご飯にかけるべきなのか、２）ご飯をカレーに入れるべきなのか迷うところである。
調べたところ・・・・どちらでもいいらしい。。。笑
しかし、一番良さそうだったのは、まずは１）カレーをご飯にかけて食べる → ２）ご飯が残り少なくなったら食べ方を変える意味も含めてご飯をカレーに投入する
というもので合った。確かに両方同時に体験できるとよいかもしれない。
ということで、最後のご飯は有名なスープカレー店で終了。土日を潰して参加したのでかなり疲れたけれど、素晴らしい会議でした。。
新学術領域の春の領域会議終了。No.２。
新学術領域は、科研費の一種である。日本学術振興会からの研究費である。
領域というだけあって非常に大型の予算であり、応募した時点でも７つのグループ（計画班）がある。７つのグループの中にそれぞれ２〜３個の研究室が入っている（自分もそうして入っている）。なので、この時点でだいたい２０弱の研究室が参画していることになる。
さらに公募班と言って、領域が立ち上がった後に２年ごとに研究をする班が選ばれる。これが２０個前後採択されるので、これだけでも４0〜５０の研究室、研究者が採択されることになる。まさに領域である。。
今回は北大で開催。クローズドのミーティングなので、関係者でなければ参加できない。守秘義務にサインをしてはいないが、基本的には内容は関係者での共有となる（多分）。気候はカラッとしていて最高。日向に出るとかなり暑かった。しかし、湿度がないのでとても気持ちがいい。
領域会議は土曜日の昼から月曜日の昼過ぎまでみっちり入っている。昼食はのんびりしている暇はないので、近くのホテルでささっと済ます。巨大なミートボールの定食である。。あまり時間はない。。
光合成の基礎研究なので、自分にとっては難しい内容もたくさんある。少しずつだけれど分かってはきたので、専門外のことについても成長していくのが領域会議の大事なことではないかと思う。
今回は一人で参加したのだけれど、次回は他の人も参加しても良いかもしれない。少し難しいが・・。
No.３に続く。
参画している新学術領域「新光合成」。
http://photosynthesis.nibb.ac.jp/
光合成分野の世界的な研究者が集まる研究プロジェクトである。１つの班の分担に加えていただいている。
今回の領域会議は札幌。場所は北大だった。
実は北大に行くのは初めて。札幌だと、札幌コンベンションセンターという大きな会議場があり、そちらで学会が行われることが多い。なので、意外と行く機会がなかった。
北大は札幌駅から徒歩で３〜５分。近い。。ターミナル駅から歩いてすぐとは素晴らしき場所にある。
そして本当にきれい。。新緑の季節で素晴らしい緑あふれるキャンパスだった。日曜日には散歩している人も多かった。
「Boys, be ambitious」で有名なクラーク博士の像も写真を撮る。会議の前の朝に散歩した時のものである。。ジョギングをしても気持ちいいかもしれない。
寒いかと思ったけれど、日なたは関東と同じくらい暑かった。ただし、湿度が低いので、とても気持ちが良い。
ついた日の昼は味噌ラーメンとチャーハン。
あまり時間がなかったので駅近で食べる。コーン用のスプーン（銀色のもの）があってびっくり。スープが通るようになっていて、コーンだけが残るようになっていた。バターと合わせて濃厚な味噌ラーメンだった。
昼ごはんをさっと食べ、ここから２泊3日でみっちり会議だった。。
No.２に続く。
内容は書けないけれど、他の研究者とのディスカッションは非常に大事。日々忙しいと、どうしても学会や打ち合わせをキャンセルしてしまったり延期してしまったりするのだけれど、やっぱりいろんな人と話すことはとても大事である。
人に話すことで自分の中でもまとまったりする。会議などに参加して「参加しなければよかった・・」と思うことは一度もないので、ひと頑張りして参加することがとても大事であると思う。
自分はフットワークが軽い方ではないので、頑張らなければなあと思う。でも、日々の講義や実習、ゼミ、大学業務を考えると、もう予定がいっぱい・・・。なんとか業務を効率化しなければといつも工夫を考えている。
本日もいろんな人とディスカッションをしよう。
昨日は、４年生だけのゼミ。就活もあるので、全員参加とはいかないが、いるメンバーでゼミを行う。
時間としては１時間〜２時間だけれど、やはりかなり重要な気がしてきた。このゼミでは実験ノートと生データに近いなどをグラフなど見せて進捗を話すことになっている。
全体ゼミだとみんなの前で話すというだけで、最初のうちは結構プレッシャーかもしれない。何人か質問しただけで終わってしまい、今後の方針を整理するというところまで至らないかもしれない。大学院生ならばそれでも良いかもしれないが、やはり学部生にはきついように思える。
個別に先生や先輩に聞ける人ならばよいが（もちろん、頑張ってアクションを起こすように言ってはいるが）、それでも自分の困っている状況を説明するのはなかなか大変なことではないかと思う。
ということで、学部生だけでやっている学年ゼミは、非常に機能しているように思える。
昨日のゼミでも言ったのだけれど、別に成果が挙ればそれでOKというわけではない。成果が挙がっていなければダメというわけではない。
どういう理由でどういう実験を行い、どのような結果が得られて、その解釈をどのようにしたか。それによって、次の行動をどうしようと考えているか。
こうした一連のプロセスができれば、たとえその実験計画が失敗でも次に移ることができる。そして、このプロセスができれば、いつかは成功する。
逆によくわからないけれど、初めは成功しても、結局上のプロセスができないと、長期的にはどこかで成果が挙がらなくなる。
ということで、成果が挙がっていないからダメではないと思う。それはあくまで短期的な話である。どちらかというと、きちんと論理的に説明ができない方が問題であると思うので、ゼミでは成果の数を気にするのではなく、説明ができているかを気にしてほしいと思っている。
